对于运输防疫物资的货车司机缴纳了本该免收的髙速路费的情况，相关部门核实后，应当及时予以退费。根据有关业务规程，用户发起通行费争议投诉，确认多扣通行费时，相关发行服务机构（ETC车辆）或出口省中心（非ETC车辆）应当在2个自然日内完成退款；涉及金融机构的, 应协调金融机构在2个工作日内完成退费。