（一）办公室（信访工作办公室）。负责机关日常运转，重要事项督查督办，承担机关文秘、会务、机要、档案、保密、政务公开、信息等工作；承担机关来信来访接待和处理工作，指导所属单位信访稳定工作。
（二）法规处。组织起草交通运输行业地方性法规、规章草案，承担有关立法规划计划和协调工作；指导监督交通运输综合行政执法和队伍建设；承办相关行政应诉工作；承担有规范性文件合法性审查工作。
（三）研究室。组织开展交通运输行业发展战略和产业政策研究，收集行业发展相关信息、动态，负责行业改革与发展调查研究，并提出对策和建议；指导行业体制改革；承担有关综合性材料起草工作。
（四）综合规划处。加强交通运输行业发展统筹管理；组织拟订和综合平衡交通运输行业发展规划、交通运输体系规划和专项规划、年度计划，提出有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；承担相关交通项目建设的前期工作和后期评估工作；承担岸线使用审核有关工作；负责开展国际和省际交通运输领域有关合作与交流；承担行业统计分析、交通扶贫工作。
（五）财务处。组织拟订并监督执行交通运输行业有关资金和财务管理制度；负责编制并组织实施部门预决算；负责机关和所属单位国有资产管理；指导行业投融资工作。
（六）组织人事处（重庆市交通行业社会组织综合党委办公室）。承担机关和所属单位干部人事、劳动工资、机构编制工作；指导所属单位基层党组织建设、班子建设和党员管理工作；指导交通运输行业人才队伍建设和培训教育工作。承担市交通行业社会组织综合党委日常工作，具体管理交通运输行业全市性社会组织（含脱钩和直接登记）的党建工作，承办审核社会组织会长（理事长）、副会长（副理事长）、秘书长等负责人人选事项。负责指导推动道路运输领域网约车司机、货车司机群体党建工作。
（七）行政审批处。负责机关行政审批制度改革，指导和规划本系统行政审批工作；按照“三集中、三到位”的要求，相对集中机关有关行政审批事项的受理和审批，组织协调相关事项的论证、审查等工作；组织推进机关行政审批服务便民化、标准化和相关电子政务工作；具体管理机关政务服务窗口。统筹协调交通运输行业信用体系建设。
（八）公路建设管理处。拟订公路、枢纽站场等交通基础设施建设的相关政策、制度和标准并监督实施；承担公路建设市场监管工作，按规定对公路建设工程造价、质量安全进行监督管理；按权限承担高速公路、市级重点公路工程设计审核、施工许可和竣工验收等工作。
（九）公路管理养护处（高速公路管理处）。拟订公路路政、养护、运营的相关政策、制度和标准并监督实施；承担公路养护市场监管工作，按规定对公路养护工程造价、质量安全进行监督管理；负责高速公路路政管理、养护管理，承担收费公路管理相关工作。
（十）港航管理处（重庆市地方海事局、重庆市船舶检验局）。拟订水路工程建设、维护相关政策、制度和标准并监督实施；承担水路工程建设市场监管工作，按规定对水路工程造价、质量安全进行监督管理；指导港口、航道等水路设施的维护及养护工作；承担港口和航道管理、水上交通安全监管、地方海事行政管理有关工作；拟订地方性渔业船舶检验政策、制度及标准并监督实施，负责渔业船舶检验监督管理和行业指导等工作。
（十一）综合运输管理处（运输协调办公室、城市公共运输管理办公室、机动车维修管理办公室）。拟订道路、水路和城市公共交通运输的相关政策、制度和标准并监督实施；承担道路和水路运政、客运市场管理有关工作，负责轨道交通运营管理；负责综合交通运输协调与衔接，组织编制和监督实施运输发展规划、运力和线网布局规划；组织和监督实施紧急客货运输和春运工作；承担三峡过闸物资通航保障等重大运输事项协调工作；负责有关道路和水路运输经营资质、从业人员资质管理；承担汽车维修行业管理有关工作，指导运输场站管理。
（十二）铁路发展处。拟订地方铁路建设发展的相关政策并监督实施，编制全市铁路线网和枢纽专项规划，会同有关方面研究提出全市铁路投融资方案和财政性资金安排意见；负责开展铁路领域国际合作交流工作；负责铁路建设发展统计分析。
（十三）铁路管理处。协调推进全市铁路项目建设；承担地方铁路建设市场的监管工作，按规定对地方铁路质量安全进行监督管理；按规定权限承担地方铁路的设计管理和监督实施，按分工承担铁路综合交通枢纽建设管理有关工作；协调管理铁路运输工作。
（十四）民航处。拟订全市民航建设发展的相关政策并监督实施，编制民航机场和航空枢纽专项规划，会同有关方面研究提出军民航机场投融资方案和财政性资金安排意见；协调推进军民航机场项目建设，按权限承担通用机场建设管理有关工作；协调管理民航运输工作；协调邮政发展相关工作。
（十五）安全监督处（应急管理办公室）。拟订交通运输行业安全生产监督管理相关政策、制度和标准并监督实施；组织、协调和指导行业安全生产工作；负责行业安全事故统计分析，依法组织或参与有关事故调查处理；承担所属单位安全生产的监督管理工作；组织推动行业应急救援体系建设，组织、协调和指导相关突发事件的应急处置工作。
（十六）科学技术处。拟订交通运输行业科技创新和信息化建设相关政策、制度和标准并监督实施；组织协调行业有关重大科技项目研究、技术引进与开发、科技成果鉴定、转化和推广应用工作；指导行业生态环境保护和节能减排工作；承担行业信息化、技术标准等工作。
（十七）国防交通处。
（十八）审计处。拟订并组织实施内部审计有关制度，承担机关和所属单位落实重大决策、规划计划、财务收支、内部控制及风险管理等的审计工作；按权限组织实施有关领导干部经济责任审计工作；负责有关重点交通建设项目、专项资金等审计监督；负责督促落实审计发现问题的整改。
（十九）宣传处。组织指导交通运输行业宣传工作和精神文明建设；承担机关对外宣传和新闻工作；承担机关和所属单位意识形态、干部理论学习、职工思想教育等工作。承担交通运输行业舆情监测、分析和协调处置相关工作。
（二十）机关党委办公室（巡察办）。负责机关和所属单位的党群工作；负责市交通运输委党委巡察工作领导小组日常事务，承担向市交通运输委党委巡察工作领导小组报告工作情况，传达贯彻巡察工作领导小组的决策和部署，统筹、协调、指导巡察组开展工作，加强政策研究、制度建设，对党委、巡察工作领导小组决定的事项进行督办等职责。
（二十一）离退休人员工作处。负责机关离退休人员管理工作，指导所属单位离退休人员管理工作。
（二十二）驻市交通运输委纪检监察组。负责机关和所属单位的纪检、监察工作；指导交通系统的党风廉政建设；配合有关部门纠正行业不正之风；查处党员、干部的违纪案件。
